上海公司新發突發傳染病應急反應平臺依托于第四研究室研發團隊和疫苗四室產業化團隊，形成了以流感疫苗為代表的病毒類疫苗研發、中試、生產以及質量控制的系統平臺。平臺一方面立足于新發、突發流感疫情防控的國家需求，開展疫苗應急研發工作，為新發突發流感疫情防控提供產品與技術儲備。另一方面，密切圍繞流感疫苗技術創新方向，開展細胞基質流感疫苗、廣譜流感疫苗、新型免疫佐劑等研發工作，為新型流感疫苗研發奠定技術基礎。目前已有基于該平臺的四種類型的流感疫苗獲得臨床試驗批件并處于臨床試驗階段。